但问题又出来了，比如说我们承认了人类在大约20万年前走出东非后, 比如几万年后已经散布在了现在的北非, 中东, 西亚, 南欧一带。这些人群在之后的几万年里, 为什么没有一支一族返回去呢? 或者有返回去的全部死光光，被留在原地的部族吃光光? 难道从西亚到肯尼亚这么远吗，比西亚到东北亚再到美洲还“难走”吗？
其实，虽然现代基因学强烈支持同祖说，但并不能否认其他人类起源的学说的存在，独立起源说就是其一。中国教科书上就是持独立起源说的，也就是在世界几个不同的地点，从古猿到猿人到智人到古代文明到现代文明。几个著名的“源”和“猿人”包括“北京猿人”。（注意不要混淆几万年前的“北京人”，他们可是东亚人的直接祖先之一。）
话说回来了，如果这些独立的“猿”没有发展成现在的“人”，那么他们是怎么消失的呢？是因为环境的恶化？还是被外来“物种”全部吃掉了？同祖说至今对此没有很令人信服的答案，使得独立起源说虽很在下风但仍残存着一点儿的市场。
给独立起源说致命打击的，仍是基因学：我们已经得到证明说，中国人与生活在200万年前的“北京猿人”没有血缘关系。
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